Głównym celem gry Aqua Bubble 2 jest zlikwidowanie z ekranu wszystkich kulek.
Po trafieniu z działka kulką w conajmniej dwa inne tego samego koloru, nastąpi ich likwidacja. Jeśli strzał nie zakończy się likwidacją, kulka przyczepia sie do istniejących już kulek.
Gra zawiera kilka trybów gry. W wersji Arcade kulki non stop się przesuwają w dół, w Puzzle po czasie zmniejsza się obszar gry, w Recolor wystrzelona kulka zamienia sąsiednie kulki w ten sam kolor. Istnieje możliwość wyboru trudności gry (Easy, Normal, Hard).
