Whonix to oparty na Debianie system operacyjny, którego głównym przeznaczeniem jest zapewnienie jak największej anonimowości w sieci. Do tego celu wykorzystywane jest oprogramowanie Virtual Box, a każde połączenie nawiązywane jest za pośrednictwem sieci Tor.
Architektura oparta na dwóch maszynach wirtualnych ma uchronić przed wyciekiem adresu IP. Whonix-Gateway pełni rolę swoistej bramy do sieci Tor, a korzystanie z Internetu ma miejsce przy zastosowaniu Whonix-Workstation, która sprawia, że komputer jest odizolowany od sieci dzięki maszynie pełniącej rolę pośrednika.
System zawiera szereg narzędzi wspomagających anonimowe korzystanie z sieci jak przeglądarka internetowa z wtyczkami czy program p2p.
