Program łączy się z jednym z serwerów National Institute of Standards and Technology (NIST) w Stanach Zjednoczonych i synchronizuje zegar systemowy z wzorcem atomowym. Aplikacja wyświetla różnice pomiędzy pobranym czasem a zegarem systemowym, umożliwia pobranie czasu z serwerów przy każdym uruchomieniu komputera lub na życzenie (ustawienia). Atomic Clock Sync wyświetla m.in. czas uniwersalny UTC oraz dostosowuje się automatycznie do strefy czasowej użytkownika.