CleanAutoRun to narzędzie przywracające skojarzenia plików wykonywalnych .exe. Niektóre szkodniki mogą powodować zaburzenia tych skojarzeń, dlatego też CleanAutoRun będzie idealna pomocą.
Skojarzenie plików z daną aplikacją odbywa się w oparciu o rozszerzenie pliku. Na przykład, plik z rozszerzeniem .doc jest kojarzony z Microsoft Word, jeśli więc klikniemy taki plik, wtedy system uruchomi aplikację Microsoft Word i otworzy w niej plik.
Jedno rozszerzenie pliku może mieć wiele skojarzeń aby wykonać różne działania. Na przykład, plik z rozszerzeniem .jpeg może być skojarzony z wieloma opcjami, i tak Otwórz otwiera plik w przeglądarce obrazów, Edytuj otwiera obraz w aplikacji edytującej, Drukuj otwiera aplikację do wydruku obrazu.
